农村房屋违建的处理方式通常包括以下几种情形：
非法占用土地
责令退还非法占用的土地。
限期拆除非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。
对于符合土地利用总体规划的，可以没收新建的建筑物和其他设施，并可能处以罚款。
对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
未取得许可证或未按许可证规定建设
责令停止建设。
限期拆除或予以没收。
罚款。
历史原因形成的违建
对于因历史原因和社会原因形成的违建，不宜直接按照违章建筑处理。
应组织相关部门对未办理手续的建筑物进行认定，合法的要给予补偿，违法的不予补偿。
具体法律依据
《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条和第六十五条规定了未取得许可证或未按许可证规定建设的处罚措施。
《土地管理法》第七十八条规定了非法占用土地建住宅的处罚措施。
其他注意事项
责令违建人立即停止建设。
对于违反规定但不妨碍社会公共利益的，责令其补办手续。
对于违反规定且轻微妨碍社会公共利益的，可以责令限期改正，并可能并处罚款。
对于违反规定并严重妨碍社会公共利益的，责令限期拆除或者予以没收。
处理违建时，应遵循法律程序，确保当事人的合法权益不受侵犯。
