申请农业合作社的流程如下：
确定合作社名称
确定合作社的名称，名称要符合法律规定，不得与已有的名称重复。
确定组织形式
农业合作社可以采取有限责任公司、非公司制合作社和农民专业合作社等多种组织形式。
确定成员
农业合作社的成员可以是自然人、法人或其他组织，需要确定成员的身份和数量，以及各自的权利和义务。
编制章程
编制农业合作社章程，明确合作社的组织形式、名称、目的、业务范围、成员权利和义务、管理机构、决策程序、财务管理和分配等方面的内容。
注册登记
向当地市场监督管理局申请注册登记，需要提交合作社章程、成员名册、组织结构等相关材料，经过审查合格后即可领取营业执照和税务登记证。
开立银行账户
领取营业执照后，需要到银行开立农业合作社的基本账户和专用账户，用于资金收付和管理。
提交必要文件
申请设立登记时，需要提交以下文件：
《农民专业合作社登记（备案）申请书》。
全体设立人签名、盖章的设立大会纪要。
全体设立人签名、盖章的章程。
法定代表人、理事的任职文件和身份证明。
全体出资成员签名、盖章的出资清单。
法定代表人签署的成员名册和成员身份证明复印件。
住所租赁合同、产权证明、土地证。
市场主体住所（主要经营场所），使用证明事项告知承诺书。
指定代表或者委托代理人的证明。
名称预先核准通知书（经名称预先核准的须提交）。
农民专业合作社申请登记的业务范围中有法律、行政法规或者国务院决定规定必须在登记前报经批准的项目，应当提交有关的许可证书或者批准文件复印件。
审核与领取
提交所有资料后，等待审核，审核时间约为3-5个工作日。
审核通过后，领取准予设立登记通知书。
携准予设立登记通知书、身份证原件，领取营业执照正副本。
带营业执照原件、身份证原件至工商公安窗口，办理备案章（公章、财务章、合同章、法人章）。
携营业执照正副本、身份证原件、租赁合同、章到所属税局做税务登记、领取发票。
如有需要，可开通银行对公户以及社保账户。
以上是申请农业合作社的基本流程和所需材料，建议提前准备好所有文件，并咨询当地市场监督管理局或农经主管部门以获取更详细的指导和帮助。
