农产品抵扣进项税额的方式主要有以下几种：
凭票抵扣
增值税专用发票：从一般纳税人处购进农产品，取得增值税专用发票的，可以直接按照发票上注明的税额进行抵扣。
海关进口增值税专用缴款书：进口农产品时，取得海关进口增值税专用缴款书的，可以按照缴款书上注明的税额进行抵扣。
农产品收购发票：从农业生产者处采购免税农产品时，农业生产者开具免税销售发票，采购方可以按发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额进行抵扣。
销售发票：从农业生产者处购进农产品，若未开具免税销售发票，采购方可以自行开具农产品收购发票，按发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额进行抵扣。
核定抵扣
核定扣除：采购方购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，除了可以在购进时扣除9%之外，在生产领用购进的农产品的当期，还可以加计抵扣1%的进项税额，即此种情形下，扣除率为10%。
注意事项：
小规模纳税人开具的发票：从小规模纳税人处购进农产品，如果取得3%征收率的增值税专用发票，则按发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额进行抵扣；如果取得的是普通发票，则不能抵扣进项税额。
购进流通环节征税的农产品：若销售方是一般纳税人，购买方可凭一般纳税人开具的增值税专用发票进行抵扣；若销售方是小规模纳税人，购买方可凭小规模纳税人代开或自开3%或1%征收率的专用发票进行抵扣，其中，取得3%征收率的专用发票按9%或10%抵扣进项税额，取得1%征收率的专用发票按照1%抵扣进项税额。
购进流通环节免税的农产品：纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
以上是农产品抵扣进项税额的主要方式及注意事项，具体操作时还需参照最新的税法规定和相关政策。
