基因工程和转基因是两个不同的概念，当前有很多人把这两个概念搞错。
基因工程（genetic engineering）：又称基因拼接技术和DNA重组技术，是以分子遗传学为理论基础，以分子生物学和和微生物学的现代方法为手段，将不同来源的基因按预先设计的蓝图，在体外构建杂种DNA分子，然后导入活细胞，以改变生物原有的遗传特性、获得新品种、生产新产品的遗传技术。基因工程技术为基因的结构和功能的研究提供了有力的手段。
转基因：是将高产、抗逆、抗病虫、提高营养品质等已知功能性状的基因，通过现代科技手段转入到目标生物体中，使受体生物在原有遗传特性基础上增加新的功能特性，获得新的品种，生产新的产品 。自然界中同样广泛存在自发的转基因现象，譬如植物界的异花授粉、天然杂交以及农杆菌天然转基因系统等。
从以上定义看出，转基因和基因工程是两个不同概念。转基因的范围较广，只要是两性繁殖的东西，通过杂交就有基因转移，就是转基因，如杂交水稻、油菜的异花授粉这是自然界普遍存在的现象，也是生物变异的基础。而基因工程是人为通过特定的技术，把一种生物的基因，转移到另外一种或同种生物上去，从而改变生物的特性，如大家说的较多的转基因大豆、转基因玉米、转基因棉花等，确切的说法应该叫基因工程大豆、基因工程玉米、基因工程棉花。
转基因是个大概念，而基因工程是转基因的分枝。
