少儿住院基金的报销流程如下：
医院直接扣除
少儿基金一般都是在医院里直接扣除的。用户只需要在结账之前带好紫色的少儿基金医疗证以及住院证明前往学校卫生老师处开具住院结算证明，交给医院结账处就可以了。在用户结账的时候，会自动扣除相应的费用，只需要承担自费的金额。在收据上，就可以看到少儿基金支付了多少钱。
通过支付宝小程序申请报销
可以通过支付宝搜索“少儿住院基金”并选择少儿类型，进入小程序后根据提示办理报销。参加本市城乡居民医保的重残人员，先在医院记账结算城乡居民医保部分费用，然后在出院后的3个月内，凭相关材料到参加少儿住院互助基金所在地的区基金管理办公室申请报销互助基金部分费用。少儿住院互助基金报销方法：进入支付宝-搜索“少儿住院基金”-选择少儿类型-在医保记账后3个月内申请报销。
零星报销
未在医院记账结算的，于出院后的3个月内，到少儿住院互助基金参保所在地的区基金管理办公室申请零星报销，逾期则视为放弃报销的权利。专科门诊医疗费用也采用零星报销制，即由参保人先自费结账，然后在就诊后的3个月内，凭相关材料到参加少儿住院互助基金所在地的区基金管理办公室申请报销。
注意事项：
少儿住院基金只适用于医保定点医院，非医保定点的私立医院、或公立医院特需部、国际部、VIP部，都报销不了。
报销材料通常包括医疗证、住院结算证明单、有效转诊单等，具体所需材料可能因地区和具体情况而异，建议提前向相关部门咨询。
报销比例和限额：如果有少儿医保，先经医保报销，再经少儿住院基金，报销比例是100%；如果没有少儿医保，少儿住院基金的报销比例是50%，且仅报销医保目录内的费用，且有年度限额。
建议家长在办理少儿住院基金报销时，提前了解并准备好相关材料和手续，以确保顺利报销。
