根据提供的信息，公司资质的管理通常由以下部门负责：
国务院建设主管部门：
负责全国建筑业企业资质的统一监督管理。
省级人民政府建设主管部门：
负责本行政区域内建筑业企业资质的统一监督管理。
行业主管部门：
如国务院铁路、交通、水利、信息产业、民航等有关部门，配合国务院建设主管部门实施相关资质类别建筑业企业资质的管理工作。
市、县级建设行政主管部门：
在更基层的行政区域，负责建筑业企业资质的初步审核和日常监管。
具体到资质申请，企业应向工商注册所在地的省级人民政府建设主管部门提出申请。对于国务院国有资产管理部门直接监管的企业及其下属企业，则应向国务院建设主管部门提出申请。
需要注意的是，这些规定可能会随着时间和政策的变化而有所调整，因此建议直接咨询当地的建设行政主管部门或通过官方渠道获取最新的信息
