违建码头的管理部门主要涉及以下几方面：
县级以上地方人民政府：
依据《中华人民共和国城乡规划法》和《中华人民共和国港口法》，对于未经依法批准、违反港口规划建设港口、码头及其他设施的行为，县级以上地方人民政府有权责令其限期改正，逾期不改正的，可以申请人民法院强制拆除违法建设的设施，并可以处以五万元以下罚款。
港口行政管理部门：
港口行政管理部门负责监督和管理港口的规划、建设和使用。对于违反港口规划的建设行为，港口行政管理部门有权责令限期改正，并在逾期不改正的情况下，申请人民法院强制拆除违法设施。
城乡规划部门：
城乡规划部门负责处理未经批准、超过规定范围或违反规划的建筑物违法行为。对于违章建筑，城乡规划部门可以责令其停止建设、限期改正，并可以采取罚款或其他措施消除影响。
建设部门：
建设部门负责处理未经审批、未取得建设工程规划许可证或违反建设工程质量安全规范的建筑物违法行为。
土地管理部门：
土地管理部门负责处理未经批准或违反土地利用规划的建筑物违法行为。
市政部门：
市政部门负责处理未经审批或违反城市规划的道路、桥梁、公园等市政设施违法行为。
综上所述，违建码头的管理部门主要是 县级以上地方人民政府和 港口行政管理部门。具体职责划分可能因地区和具体情况而异，建议联系当地相关部门获取详细信息。
